De trein vertrekt niet op tijd.

Hij is te laat.

Of

Het is te laat.

Как же все-таки правильно?

Верно: De trein vertrekt niet op tijd. Hij is te laat.

НО! Waar is het boek? Het ligt op tafel.

Таким образом, слова с артиклем de (de-woorden) будут заменяться местоимением hij или ze, а слова с артиклем het  (het-woorden) будут заменяться местоимением het (средний род).

Чаще всего на севере страны со всеми предметами и животными используются местоимения мужского рода. На юге страны и в Бельгии чаще всего используют, наоборот, местоимения женского рода. Для людей обычно используют местоимение, подходящее не только к грамматическому, но и биологическому роду. То есть, если вы хотите заменить слово het meisje местоимением, то вы употребите все-таки zij, несомтря на то, что само слово среднего рода.

Если вам хочется употреблять все верно без ошибок, тогда словарь вам в помощь. Во многих (но не во всех словарях) после существительного в скобках указывается род, где v-vrouwelijk (женский), m-mannelijk (мужской) и o-onzijdig (средний). Некоторые слова, например, такие как de tafel, de fles, de kat, de muis, de soep, de taal, de vaas, de vlag – могут быть, как женского, так и мужского рода…

Подводя итог, замечу, что, если с de-словами вы будете употреблять только hij или только zij,  это не будет считаться ошибкой. Просто запомните, что со словами, обозначающими организации (такими как de overheid, de regering, de commissie, de Tweede Kamer, de gemeente, de stad) часто употребляется ze (haar).